自社のみ署名して相手先様に送付することはできますか。

可能です。
送信先に、署名してほしい方のみ入力ください。不要な送信先の枠は右下の削除ボタンで削除可能です。

完了後のPDFのみ送付したい宛先がある場合は、「署名依頼する」のチェックを外した状態で、送信先をご入力ください。
設定方法はコチラをご参照ください。