複数人の電子証明書を発行します。代表で1名が全員分申込しても問題ないでしょうか。

管理者1のユーザーIDであれば、他のユーザーIDへの電子証明書の申込も可能です。
ただし、1つのユーザーIDに発行できるのは、1つの電子証明書のみ（1対1）となりますのでご留意ください。